农业水土工程学科创建于1958年，1986年获得硕士学位授予权，1998年获得博士学位授予权。该学科是内蒙古自治区第一个工学博士学位授权点，是国家重点培育学科与自治区的重点学科。50年来，围绕西北地区严重的干旱缺水与水土环境恶化等主要问题，形成了干旱区节水灌溉理论与新技术研究、灌区土壤水盐空间变异性与区域水盐监测预报、灌溉排水原理与管理优化、“3S”技术在农业水土工程中的应用等4个稳定的研究方向。教师队伍中有教授6名，副教授5名，博士研究生指导教3名，具有博士学位的教师5名，享受政府津贴专家2名。目前本学科已招收博士研究生9届，硕士研究生21届，博士研究生毕业人数累计17名，硕士研究生毕业人数累计105名，在校博士后研究人员2名。学科教师主持国家自然科学基金重大项目1项、国家“十一五”科技支撑重点项目一项，获内蒙古自治区科技进步二等奖1项、三等奖3项，大禹水利科技奖二、三等奖各一项。近年来学术论文SCI收录6篇，EI收录24篇，ISTP收录22篇。